Najnowsze wydanie „Tygodnika Powszechnego”, datowane na 3 maja (nr 18 / 2009), przynosi obszerną polemikę Marka Zająca z tezami stawianymi przez ks. prof. Waldemara Chrostowskiego w przeprowadzonym przez Grzegorza Górnego i Rafała Tichego wywiadzie-rzece „Kościół, Żydzi, Polska”.

Dziennikarz pisze: „Książka przytłacza gęstością faktów i cytatów sprawiających wrażenie erudycyjnego rozmachu oraz aptekarską wręcz precyzją w opisie dialogu chrześcijańsko-judaistycznego i polsko-żydowskiego od lat 80. do 1998 r., którego jedną z czołowych postaci był właśnie bohater rozmowy […] wystarczy zdrapać nieco z tego, wydawałoby się, eksperckiego poloru, by na wierzch wyszły przeinaczenia i przekłamania. Biorąc pod uwagę rozmiary recenzji, trudno odkłamać wszystko, co wypaczyła książka licząca razem z bibliografią grubo ponad 600 stron”. W dalszej części artykułu pod wymownym tytułem „Rzeka żółci” Zając wskazuje kilka przykładów, jego zdaniem ilustrujących nieścisłości i przeinaczenia charakterystyczne dla omawianej książki.

„Zasług w inicjowaniu i rozwijaniu dialogu chrześcijan z wyznawcami judaizmu i Polaków z Żydami w latach 80. i na początku lat 90. nikt ks. Chrostowskiemu odmówić nie zamierza – podsumowuje autor. – Kłopot w tym, że najnowsza odsłona jego batalii o swe miejsce w historii przynosi efekt odwrotny do zamierzonego – i to w podwójnym sensie. Bo książka <Kościół, Żydzi, Polska> nie tylko zatruwa i zniekształca pamięć przez półprawdy i nieprawdy. Szkodzi też samemu ks. Chrostowskiemu, który uważa się za postać niewygodną dla – jego zdaniem – fasadowego dialogu z wyznawcami judaizmu i Żydami. A książka pokazuje, że nie jest postacią niewygodną, ale po prostu niewiarygodną.”